赣州形成行政区的历史悠久。三国·吴嘉禾五年(236)设置相当于市一级的行政机构——庐陵南部都尉。宋代分设南安、赣州两个政区,简称“南赣”。又因地处赣江上游、江西南部,并于清康熙年间和民国初先后置分巡赣南道和赣南道,亦俗称“赣南”。1949年7月,江西省人民政府设立赣州专区行政专员公署。1949年11月,赣州专区并入赣西南行政公署。1964年5月撤销赣南行政区,恢复赣州专区。1971年1月改称赣州地区。1998年12月,国务院批准赣州地区撤地改市,原县级赣州市改为章贡区。1999年7月,地级赣州市正式挂牌成立。
截至2023年12月31日,赣州市辖3个市辖区、2个县级市、13个县,分别是章贡区、南康区、赣县区、瑞金市、龙南市、信丰县、大余县、上犹县、崇义县、安远县、定南县、全南县、宁都县、于都县、兴国县、会昌县、寻乌县、石城县。
赣州市县级以下行政区划变更情况:
新设:南水街道,现区划代码:360703003(2023年调整)